Bashkia e Kukës ka një territor të pasur me fshatra dhe vendbanime, shumica e të cilave janë të vendosura në zonat malore dhe lugina të thella. Ja një listë e detajuar e disa fshatrave dhe vendbanimeve që i përkasin Kukësit:
Fshatra kryesore dhe vendbanime në Bashkinë Kukës
- Bajram Curri – Një qendër urbane në veri të Kukësit, rrethuar nga fshatra të shumta.
- Shishtavec – I njohur për natyrën malore dhe traditat etnike të komunitetit gegë.
- Lekbibaj – Një zonë malore me natyrë të paprekur, afër Luginës së Valbonës.
- Arrën – Një fshat i vogël, i lidhur me rrugën drejt zonave turistike.
- Fierzë – E vendosur pranë Liqenit të Fierzës, e njohur për hidrocentralin.
- Tamara – Një fshat malor me peizazhe piktoreske.
- Iballë – Një vendbanim i vogël i cili shërben si pikënisje për turizëm natyror.
- Topojan – Fshat i njohur për bujqësinë dhe traditat lokale.
- Morinë – Afër kufirit me Kosovën, e njohur si pikë kalimi.
- Shtiqën – Fshat tradicional malor.
Zona të tjera dhe vendbanime të vogla
- Gjinaj
- Blush
- Nikç
- Shalë
- Blerim
- Gradishtë
- Malësi e Gjakovës (pjesë e administrimit historik)
Shumë prej këtyre fshatrave janë të lidhura me rrugë lokale që ofrojnë akses drejt atraksioneve natyrore, si lumenjtë, liqenet, dhe zonat malore të Valbonës dhe Liqenit të Fierzës.